I Harstad dreier det seg om området mellom Trondenes og Gangsås, til sammen om lag to millioner kvadratmeter havbunn. I Tromsø gjelder det særlig indre havneområde, til sammen en halv million kvadratmeter, og for øvrig langs østsida av Tromsøya.
Kildekartlegging viser at skipsverft, kloakkavløp og diffuse utslipp fra forurenset grunn utgjør en risiko for spredning av farlige kjemikalier.
Risikovurderingen viser at maksimal tolerabel risiko (MTR) basert på normalt inntak av fisk og skalldyr i områdene, overskrides. Mattilsynet har iverksatt restriksjoner på omsetning av sjømat fra de indre havneområdene i Harstad og i Tromsøysundet.
Det kan ikke utelukkes at havbunnen nært tett befolkede områder i andre deler av fylket har høye konsentrasjoner av miljøgifter. De fleste sjøområdene i Troms er likevel regnet som lite forurenset.